Colecciones Científicas
Colección paleontológica cerca de 10.000 especímenes, entre fósiles vertebrados, invertebrados y plantas (trilobites, pelecípodos, braquiópodos, conularias, moluscos y corales). También se tiene una colección de 400 variedades de rocas y minerales. Alberga algunos ejemplares únicos a nivel mundial, como varios holotipos que fueron estudiados por especialistas como Huáscar Azurduy y otros paleontólogos como el francés Philippe Janvier. Entre los holotipos destacan un tiburón pérmico de Yaurichambi, de La Paz; el Parahelicoprion mariosuarezi (Merino y Janvier 1986) y varias placas de un pez devónico placodermo, el Bolivosteus chacomensis (Goujet, Janvier y Suárez Riglos 1985) único en el hemisferio sur.
Paleontología
Dedicada a la investigación de fósiles y la evolución de las especies. Entre los hallazgos más recientes, en el municipio de El Torno cerca al Río Piraí
Arqueología
La Sección de Arqueología está orientada a la documentación de los sitios prehistóricos del departamento y a la colección, preparación, catalogación y estudio de los restos materiales recogidos en los mismos.