El Área de Zoología de Vertebrados está enfocada a la colección, preparación, preservación y estudio de los vertebrados, cuenta con las Secciones de Ictiología, Herpetología, Ornitología, Mastozoología y Ecología. Trabaja en la realización de inventarios, identificaciones taxonómicas y patrones de diversidad para generar conocimientos básicos acerca de la identidad, distribución, abundancia y la diversidad de fauna en el departamento y el país. También realiza estudios de ecología y conservación de la fauna silvestre para conocer la historia natural, uso de hábitat, requerimientos ecológicos y recursos clave para especies y comunidades de fauna. Todo ello orientado al manejo y conservación de la fauna y sus hábitats. Las colecciones científicas actualmente están constituidas por más de 30000 ejemplares resguardados ya sea en la colección científica húmeda o seca. Todos estos especímenes fueron colectados, en casi su totalidad, en expediciones y proyectos de investigación realizados por los integrantes del área, desde sus inicios.