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La colección de invertebrados es la mayor cuantitativamente y la más diversificada taxonómicamente del Museo (MHNNK) y de Bolivia. Cuenta, aproximadamente con 815.000 muestras que corresponde a los insectos y aracnidos, de manera general, los insectos son la clase que está mejor representada y, entre ellos, los lepidopteros, constituyen la colección de interés científico más destacado.
La colección más numerosa y mejor representada de los invertebrados es la de Lepidopteros (mariposas) y coleópteros (escarabajos). La tarea recolectora y científica de los investigadores nacionales como internacionales (desde los años ochenta), deja un patrimono de gran interés científico en el Museo, con muchos nuevos taxones y variaciones pendientes de estudio.
La actividad, de formación de nuevos entomólogos, dio resultados debido a la labor de investigación entomológica continua desde entonces por los estudiantes en calidad de auxiliares adhonorem de las carreras de agronomia, Biologia, Forestal y técnicos actuales, traduciéndose en una colección muy activa y con un ingreso importante de nuevos especímenes para la colección cientifica.
La colección de especímenes tipo custodiadas celosamente en una caja fuerte, puesto que son especímenes únicos, con los que se han descrito nuevos taxones. El numero aproximado de esta colección es de 160 especímenes, en su mayoria insectos coleópteros.
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