La historia como centro de investigación empieza a escribirse oficialmente el 23 de Octubre de 1986, cuando anterior a esto, un grupo de estudiantes y profesionales de la Facultad de Ciencias Agrícolas decidieron formalizar la inventariación, estudio y conservación de la biodiversidad regional, fundando un Museo en el seno de la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno de Santa Cruz, en homenaje al naturalista y conservacionista cruceño Don Noel Kempff Mercado trágicamente desaparecido ese mismo año.

En 1992 cambió de ubicación, del campus universitario pasó al edificio del antes Banco Central de Bolivia, en la avenida Irala, donde actualmente cuenta con infraestructura para oficinas, colecciones, laboratorios, sala de exposición y un auditorio. Las colecciones científicas incluyen la flora y fauna silvestre; vertebrados e invertebrados; paleontología y geología. Además cuenta con un importante banco de información geoespacial a nivel regional y nacional.