Nuestra historia como centro de investigación empieza a escribirse el 23 de Octubre de 1986, cuando un grupo de estudiantes y profesionales de la Facultad de Ciencias Agrícolas decidieron formalizar la inventariación, estudio y conservación de la biodiversidad regional, fundando un museo en el seno de la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno de Santa Cruz, en homenaje al naturalista y conservacionista cruceño trágicamente desaparecido ese mismo año Don Noel Kempff Mercado

En 1992 cambió de ubicación, del Campus Universitario pasó al edificio del antes Banco Central de Bolivia, en la Avenida Irala, donde actualmente cuenta con infraestructura de oficinas, colecciones, laboratorios, sala de exposición y un auditorio. Las colecciones científicas incluyen la de Fauna Silvestre, Entomología, Paleontología, Geología y el Herbario del Oriente.