Paleontología
Dedicada a la investigación de fósiles y la evolución de las especies. Entre los hallazgos más recientes, en el municipio de El Torno cerca al Río Piraí, está el de un Taxodonte (mamífero gigante extinto) y el de un roedor de hábitos subterráneos (Ctenomys cotocaensis), el más grande hasta hoy conocido, y el descubrimiento de microfósiles Conchostracos en la región de Salinas, cercana a Camiri. Actualmente, se está estudiando la fauna silúrica de Sanjuanama-Santiago de Chiquitos, con altas probabilidades de encontrar nuevas especies.
Colecciones Científicas
Colección paleontológica cerca de 10.000 especímenes, entre fósiles vertebrados, invertebrados y plantas (trilobites, pelecípodos, braquiópodos, conularias, moluscos y corales).
Arqueología
La Sección de Arqueología está orientada a la documentación de los sitios prehistóricos del departamento y a la colección, preparación, catalogación y estudio de los restos materiales recogidos en los mismos.
