Línea 1: Ecología vegetal espacial y temporal
Línea 2: Botánica económica y etnobotánica
Línea 3: Clasificación y caracterización de la vegetación
Línea 4: Ecología para la conservación
Línea 5: Inventarios florísticos
Línea 6: Taxonomía vegetal

Línea 1: Inventarios, identificación taxonómica y patrones de diversidad
Línea 2: Ecología y conservación de la fauna silvestre
Línea 3: Manejo de la fauna silvestre

Línea 1: Ecología y sistemática de insectos
Línea 2: Inventarios, sistemática y Patrones de diversidad de artrópodos
Línea 3: Identificación y monitoreo de artrópodos de importancia medico veterinaria
Línea 4: Inventarios e Identificación de insectos que afectan al aprovechamiento forestal
Línea 5: Clasificación y caracterización de artrópodos bioindicadores
Línea 6: Manejo de especies potenciales de artrópodos para el biocomercio
Línea 7: Taxonomía, distribución y ecología de invertebrados acuáticos

Su principal línea de investigación es la inventariación e identificación taxonómica de fósiles.

Línea 1: Monitoreo de deforestación, cobertura natural y uso de la tierra para la planificación y gestión territorial
Línea 2: Identificación de áreas potenciales de distribución de especies de flora y fauna
Línea 3: Evaluaciones de impacto ambiental

Línea 1: Adecuación curricular de la transversal ambiental al contexto ecológico, económico, social y cultural de las diferentes regiones del oriente boliviano
Línea 2: Diseño de programas educativos en la temática ambiental
Línea 3: Desarrollo de iniciativas en Ecoturismo
Línea 4: Desarrollo de materiales educativos y de difusión para la promoción de la temática ambiental
Línea 5: Desarrollo de exposiciones itinerantes con diversos temas ambientales